Le differenze di rendering tra diversi browser (IE -> qualsiasi browser ) sono all'ordine del giorno per ogni webmaster, ti conviene iniziare a studiare tutti i vari hacks e metodi per far comportare IE come vuoi tu.
Il problema di fondo è che IE ha uno standard di rendering tutto suo (differente box model, differente dom, differente interpretazione del css e del codice html).
Il mio consiglio è quello di scrivere sempre codice xHTML (anche 1.0 Transitional) valido e semantico, in questo modo tutto lo sforzo per rendere il sito ben visibile da tutti i browser sarà da compiere sui file CSS.
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